残留農薬の検査方法を、公定法の一斉分析・個別試験法・簡易検査キット・分光スクリーニングの4分類で比較します。費用と日数の目安、法的に通用する範囲、自社に必要な検査を選ぶ判定チャートまで、2026年時点の制度に沿って整理しました。
結論から書きます。食品衛生法の残留基準（ポジティブリスト制度）への適合を判定できるのは、GC-MSやLC-MSなどを用いた公定の試験法に基づく機器分析だけです。簡易検査キットや分光・画像による手法は、公定分析にかける前のふるい分け（スクリーニング）や、産地側の管理改善に使う位置づけになります。外部の検査機関に一斉分析を依頼した場合の費用は1検体あたりおよそ1.5万〜8.5万円、納期は3〜14営業日が目安です。
残留農薬の検査方法は4分類｜まず全体像を比較する
残留農薬の検査は「どこまで法的に通用するか」で性格が大きく変わります。同じ「検査」という言葉でも、出荷可否の判定に使えるものと、社内の管理改善にしか使えないものが混在しているのが実務の混乱の原因です。まず4分類で整理します。
検査方法 | 分かること・精度 | 費用の目安 | 所要時間 | 法的位置づけ | 向かない条件・主な限界 | 向く用途 |
|---|---|---|---|---|---|---|
公定法に基づく一斉分析（GC-MS/MS・LC-MS/MS） | 数百成分を同時に定量。一律基準0.01ppm水準の微量まで対応 | 1検体 約1.5万〜8.5万円（項目数・機関による） | 3〜14営業日 | 残留基準への適合判定に使える | 一斉試験法の対象外の成分は個別に依頼が必要。ロットからの抜取検査なので全数保証にはならず、当日出荷には日数が間に合わない | 出荷判定、取引先への提出、輸出、クレーム原因究明 |
個別試験法（グリホサート等） | 特定の1成分を高感度に定量 | 1検体 約1.8万〜2.6万円 | 10営業日前後 | 残留基準への適合判定に使える | 測る成分をあらかじめ特定できていないと使えない。成分を増やすほど費用と日数が積み上がる | 一斉分析で拾えない成分の確認 |
簡易検査キット（イムノアッセイ・酵素法） | 特定の農薬に限定した定性〜半定量。交差反応による偽陽性がありうる | キットにより異なる（機器分析より低廉） | 前処理が簡素で当日中に結果が出るものが多い | 適合判定には使えない（スクリーニング） | 対象農薬ごとにキットが必要。交差反応による偽陽性がありうる。定性〜半定量が中心で基準値との厳密な比較には向かない | 多検体の一次ふるい分け、産地の管理確認 |
分光・画像によるスクリーニング（近赤外・ハイパースペクトル等） | 研究段階。対象は主に表面付着、モデルの汎化性能が課題 | 装置導入とモデル構築が前提 | 秒〜分（撮像自体は高速） | 適合判定には使えない | 一律基準0.01ppm水準の微量、内部へ浸透した残留、土ぼこりやワックスなど表面付着物との区別は不可。品種・産地・熟度が変わるとモデルの作り直しが必要 | 研究開発、工程管理の探索 |
この表で最も重要なのは「法的位置づけ」の列です。簡易検査や分光で「陰性だった」ことは、残留基準に適合していることの証明にはなりません。逆に、公定分析は精度が高い代わりに1検体ごとに費用と日数がかかるため、全ロットに当てることは現実的ではありません。この非対称性をどう設計するかが、次章以降のテーマです。
公定法による分析｜制度の前提と費用・納期
日本では、農薬などが基準値を超えて残留する食品の販売・輸入は食品衛生法で禁止されています（ポジティブリスト制度）。残留基準は消費者庁「食品中の残留農薬等」のとおり食品ごとに設定され、食品安全委員会が安全と評価した量の範囲内で決められます。なお食品の衛生規格基準を扱う食品衛生基準行政は、2024年度（令和6年度）に厚生労働省から消費者庁へ移管されており、現在の所管は消費者庁です（消費者庁資料）。
残留基準が設定されていない農薬等については、「一律基準」が適用されます。消費者庁のポジティブリスト制度Q&Aでは、薬事・食品衛生審議会での検討を経て一律基準を0.01ppmと設定したと明記されています（いわゆる一律基準についての質問）。同Q&Aは、一律基準を超えたからといってすべてが危険な食品と断言はできないが、本来残留しないはずの農薬等が残っていることを意味するため原因究明と適切な管理が重要だ、とも述べています。
この判定に使われるのが公定の試験法です。試験法は「不検出」基準の農薬等に用いる告示試験法と、それ以外の通知試験法に分かれ、さらに1つの方法で多数の化合物を扱う一斉試験法と、成分ごとの個別試験法に整理されます。日本薬学会の解説（田口貴章, YAKUGAKU ZASSHI 145巻2号, 2025年, doi:10.1248/yakushi.24-00164-2）によれば、2024年3月現在で通知試験法として10の一斉試験法と357の個別試験法が通知されています。
通知試験法は「必ずこれで実施しなければならない」わけではありません。消費者庁Q&Aは、通知の試験法と比較して真度・精度・定量限界が同等以上で、特異性が認められる方法であれば別の方法でもよいとしています（試験法についての質問）。ただしその同等性は、食品中に残留する農薬等に関する試験法の妥当性評価ガイドラインに沿った添加回収試験などで示す必要があり、簡易な手法が自動的に代替になるという話ではありません。通知されている試験法の一覧と改正状況は、移管後の所管である消費者庁「食品に残留する農薬等の試験法」で公開されており、検査項目を決める前にここで最新版を確認しておくと手戻りが減ります。
費用と納期は検査機関が料金を公表しています。実勢感をつかむために、各社サイトの公表値をそのまま並べます（税区分は各社の表記どおりで、食環境衛生研究所は税込、日本食品機能分析研究所は税別です）。
検査機関 | メニュー | 費用 | 納期 |
|---|---|---|---|
一斉分析223（GLOBALG.A.P.・JGAP向け） | 27,500円 | 5営業日 | |
同上 | 一斉分析468（輸出入検査向け） | 82,500円 | 10営業日 |
同上 | グリホサート等の個別分析 | 18,700〜26,400円 | 10営業日 |
残留農薬307項目一斉分析 | 42,000円 | 14営業日 | |
同上 | 残留農薬500項目一斉分析 | 85,000円 | 14営業日 |
GC/MSによる一斉分析（252成分対応） | 会員14,850円〜 | 各社要確認 |
料金は改定されるため、依頼前に必ず各機関の最新料金表を確認してください。ここで押さえるべきは絶対額よりも構造です。項目数を増やすほど費用は上がり、納期も延びる。だからこそ「どの成分を、どのロットで測るか」の設計が費用対効果を決めます。
簡易検査キットでできること・できないこと
簡易検査キットの主流はイムノアッセイ（抗体が特定の物質に結合する性質を利用した測定法）で、代表例がELISA（酵素標識免疫測定法）です。抗体と酵素反応による発色を吸光度で読み取り、対象農薬の有無や概略濃度を短時間で判定します。
利点は前処理の軽さです。農研機構の研究成果では、ELISA法を検出に用いるとケイソウ土カラム等による精製が不要なため、簡易・迅速に検出できると報告されています。使用農薬が分かっている場面で、多検体を短時間でふるい分ける用途には合理性があります。
一方で限界も明確です。第一に、キットは対象農薬ごとに用意する必要があり、数百成分を同時に見る一斉分析の代わりにはなりません。第二に、構造の似た物質に抗体が反応する交差反応で偽陽性が出ることがあります。第三に、多くのキットは定性〜半定量にとどまり、基準値との厳密な比較には向きません。したがって簡易検査は「陽性が出たら公定分析に回す」ための一次スクリーニングとして設計するのが実務的です。
出荷前の自主検査を回す5ステップと現場の落とし穴
前提として、ポジティブリスト制度は事業者に検査の実施を義務付けている制度ではありません。消費者庁Q&A（事業者の自主管理等についての質問）は、検査の実施を義務付けるものではないため分析費用の補助制度を導入する予定はない、と明記しています。つまり自主検査の設計は事業者側の裁量であり、だからこそ設計の巧拙が結果を分けます。
- 対象成分を絞る：防除記録・使用農薬台帳から、その圃場と作型で実際に使われた成分と、近隣からのドリフト（飛散）リスクを洗い出す。
- ロットを定義する：同じ生産者・同じ出荷日など、追跡可能な単位でロットを切る。
- 代表サンプルを採る：ロット全体を代表するように複数箇所から採取し、採取者・日時・箇所を記録する。
- 検査機関を選ぶ：GAP認証を取得・維持する場合は、日本GAP協会が定める検査機関ガイドラインへの適合を確認する。国際水準GAPの考え方は農林水産省のGAP情報にまとまっています。
- 結果を記録し是正につなげる：検出された場合は該当ロットの扱いを決め、原因（誤使用・ドリフト・容器の残留など）まで遡って再発防止に反映する。
落とし穴の筆頭はサンプリングの偏りです。消費者庁Q&Aは、検査は対象食品のロット（同じ生産者や出荷日などのひとかたまり）について代表する試料を採取して実施し、基準値超過が出た場合は試料が採取されたロットが販売禁止等の措置対象になると説明しています（試験法についての質問 Q100・Q101）。ロットの切り方が粗いと、1点の検出が広い範囲を巻き込みます。逆に細かすぎれば検査費用が膨らみます。
もう一つは輸出です。農林水産省は、日本の残留農薬基準を満たしていても輸出先国・地域の基準を満たせず輸出できない場合があると注意喚起しており、諸外国における残留農薬基準値に関する情報を公開しています。輸出を視野に入れるなら、検査項目の設計は「日本の基準」ではなく「相手国の基準」から逆算する必要があります。加工品については、消費者庁Q&Aが原材料の基準適合性により判断するとしており、検査の当て先は原材料側になります。
検査そのものではなく、検査に至る前の外観・異物・品質の判定を自動化したい場合は、出荷検査の自動化で扱っている工程設計の考え方も参考になります。
分光・画像によるスクリーニングは今どこまで来ているか
近年、近赤外分光やハイパースペクトルイメージング（波長ごとの反射光の強さを画像として記録し、素材や成分の違いを見分ける技術）を残留農薬の検出に応用する研究が進んでいます。ただし現状は研究段階であり、基準適合の判定に使えるものではありません。ここは誇張せずに書きます。
査読付きレビュー（Liang et al., Foods, 14(17):2977, 2025年, doi:10.3390/foods14172977）は、穀物における残留農薬検出は果実・野菜に比べて初期段階にあるとしたうえで、複数の制約を挙げています。もみ殻やぬかといった外皮が表面残留の検出を難しくすること、表面の粗さや色ムラがスペクトルデータの品質を左右しモデルの転用を妨げること、農薬ごとのスペクトルが重なり合って多成分の判別が困難なこと、装置コストと前処理・演算の重さが産業導入の障壁になっていることです。
実務者向けに言い換えると、分光・画像手法が向かないケースは次のとおりです。第一に、一律基準0.01ppm水準のごく微量。第二に、浸透移行性農薬のように内部へ入り込んだ残留。第三に、土ぼこり・ワックス・水滴など表面付着物との区別が必要な場面。第四に、品種・産地・熟度が変わるたびにモデルの作り直しが必要な、多品目少量の現場です。これらに該当するなら、素直に公定分析を選ぶのが正解です。
では何に使えるのか。現時点で現実的なのは、農薬そのものではなくカビ毒の検出や産地判別・品種判別のように、対象物質や状態の差がスペクトルに比較的大きく現れる課題です。波長ごとの光の情報から「見えない差」を画像化するハイパースペクトルカメラの得意分野を理解したうえで、残留農薬については補完的な位置づけにとどめる、という整理が誠実だと考えています。
私たちはこれまで、食品・農業・インフラ・医療などの現場とともにハイパースペクトルカメラの実証を重ねてきました（実績一覧）。残留農薬の基準適合判定はお手伝いできませんが、外観では分からない品質差の可視化であれば力になれるかもしれません。
判定チャート｜外部委託だけで足りるか、自社にスクリーニングを持つべきか
費用と日数のかかる公定分析を、どこまで外部委託だけで回すか。判断は「検査の目的」と「弾く必要のあるロット数」で決まります。上から順に当てはまるものを選んでください。
状況（当てはまるものが上にあれば、そこで確定） | 結論 | 理由 |
|---|---|---|
Q1. 出荷可否の判定・取引先への提出・輸出・クレームの原因究明が目的だ | 公定分析の外部委託が必須（自社設備で置き換えない） | 残留基準への適合を判定できるのは公定の試験法に基づく機器分析だけ。社内のどんな装置も代替にならない |
Q2. 検査するロット数が年に数十件までで、費用が経営を圧迫していない | 外部委託だけで足りる | 設備投資とモデル構築の負担が、削減できる分析費用を上回る |
Q3. 使用農薬が数成分に特定できており、多検体を早く弾きたい | 簡易検査キットで一次ふるい分け＋陽性のみ公定分析 | 対象成分が絞れている場面はイムノアッセイの得意領域。分光・画像を持ち出す必要がない |
Q4. 弾きたいのは農薬そのものではなく、カビ・変質・異物・熟度・産地違いなど外観で判別しづらい品質差だ | 自社での非破壊スクリーニングを検討する価値がある | 物質や状態の差がスペクトルに大きく現れる課題であり、全数・インラインで回せる可能性がある |
Q5. 上のどれにも当てはまらず、残留農薬そのものを社内で測りたい | 現時点では見送る | 分光・画像による農薬検出は研究段階で、微量域・内部残留・表面付着物との区別に課題が残る |
要点は、Q1〜Q3（＝法的な判定と農薬そのもののふるい分け）と、Q4（＝品質差の可視化）はまったく別の投資判断だということです。前者を自社設備で置き換えようとすると必ず失敗します。逆に後者は、公定分析の外部委託を続けたまま並行して進められます。
自社スクリーニングを検討するときの実務4ステップ
上のQ4に当てはまった場合、いきなり装置を買うのではなく、判別できるかどうかを小さく確かめてから進めます。私たちが現場とご一緒するときも、おおむねこの順序です。
- 現物サンプルで撮ってみる：良品と、弾きたい不良（カビ・変質・異物・熟度違いなど）の現物をお預かりし、実際に撮像してスペクトルの差が出るかを見ます。ここで差が出なければ先へ進みません。
- 判別可否を見極める：得られたデータで良品／不良を分けられるか、どの程度の見落としと過検出が出るかを確認します。「できません」がはっきり分かることにも価値があります。
- 運用条件を設計する：ラインの速度、照明、搬送での姿勢のばらつき、品種や産地が変わったときのモデルの作り直し頻度、判定結果を誰がどう扱うかを詰めます。実験室で出た精度は、この条件設計で大きく変わります。
- 試験運用で回す：一部のラインやロットに限定して実際に回し、既存の目視検査や公定分析の結果と突き合わせます。ここまで来て初めて、本格導入の投資判断ができます。
1と2の段階でつまずくケースは珍しくありません。だからこそ、装置の仕様を検討する前に現物で確かめる順序をおすすめしています。自社開発の国産ハイパースペクトルカメラ「irodori」では、この見極めの段階からご相談を承っています。
検査体制の見直しに使える補助金・助成金
検査工程の設備投資には、国の補助制度を検討できる場合があります。制度は年度ごとに要件も公募回次も変わるため、ここでは2026年9月時点で公表されている一次情報のみを挙げます。採択を保証するものではなく、対象になるかどうかは事業内容によって変わります。
- 中小企業省力化投資補助金（一般型）：人手不足の解消に向けた省力化投資を支援する制度です。中小企業庁の公表によれば第8回の公募要領が2026年8月18日に公開されており、事務局サイトでは申請受付が2026年9月中旬、締切が同年10月中旬といずれも「予定」として案内されています（スケジュール（一般型））。確定した日程は必ず公式サイトでご確認ください。
- ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金（ものづくり補助金）：革新的な製品・サービス開発や生産プロセス改善の設備投資を支援する制度です。公式サイトのスケジュールでは第23次（申請締切2026年5月8日）までが公表され、本稿執筆時点で第24次以降の日程は掲載されていません。通年で公募を行うと説明されているため、次回の公募開始は公式サイトで確認する必要があります。
いずれも「検査機器を買うための補助金」ではなく、生産性向上や省力化という事業計画の中で位置づけを説明できるかどうかが問われます。検査工程の自動化・非破壊化がその文脈に載るかどうかは、現場の課題の書き方次第です。対象になりそうかどうかも含めて、まずはお気軽にご相談ください。
まとめ｜目的別の使い分け
出荷可否の判定、取引先への提出、輸出対応、クレームの原因究明――この4つは、いずれも公定法に基づく機器分析を選んでください。費用と納期がかかっても、法的に通用する唯一の手段です。項目数は「日本の基準」ではなく「出荷先の基準」から逆算して決めます。
産地内の管理改善や多検体の一次ふるい分けには、対象成分が絞れている前提で簡易検査キットが有効です。陽性が出たら公定分析に回す二段構えにすれば、費用を抑えつつ見落としを減らせます。分光・画像による手法は、現時点では残留農薬の判定手段ではなく、他の品質課題を非破壊で見るための技術として捉えるのが妥当です。
もし「どの検査をどこまでやるべきか」の設計段階で迷っておられるなら、まずは公定分析の項目設計を検査機関と詰めることをおすすめします。そのうえで、カビ・変質・異物・熟度といった外観で判別しづらい品質差を全数で弾きたくなったときに、非破壊のスクリーニングという選択肢が出てきます。irodori の製品カタログと導入事例をまとめた資料を無料でお送りしていますので、社内での検討材料としてお使いください。現物サンプルでの判別可否の見極めからご相談いただけます。
